Наличия или наличие не выявлено?

Правильным будет выражение “Наличия не выявлено”.

“Не выявлено” чего? – “наличия”. Родительный падеж предпочтителен в конструкциях с отрицанием. Если бы отрицания не было, то требовалось бы употребление этого слова в винительном падеже (“выявлено наличие”). Это же правило будет действовать и в других подобных случах: “исключает наличие” (винительный падеж), но “не исключает наличия” (родительный падеж).

Примеры:

Наличия вредных микроорганизмов в материале не выявлено.